Wiosenne wznowienie wegetacji wiąże się zagrożenie ze strony chowaczy łodygowych, które mogą powodować znaczne spadki plonu, nawet powyżej 30 proc. Szybko pojawia się także słodyszek rzepakowy. Termin nalotów i nasilenie są uzależnione przede wszystkim od warunków pogodowych – głównie temperatury.

Rzepakowi w okresie około kwitnienia zagrażają różne choroby, w tym głównie zgnilizna twardzikowa, czerń krzyżowych i szara pleśń. Nalatują na niego także szkodniki: słodyszek rzepakowy i chowacz podobnik.