Rzepakowi w okresie około kwitnienia zagrażają różne choroby, w tym głównie zgnilizna twardzikowa, czerń krzyżowych i szara pleśń. Nalatują na niego także szkodniki: słodyszek rzepakowy i chowacz podobnik.

Chowacze łodygowe to grupa ważnych gospodarczo szkodników rzepaku, które mogą w istotny sposób wpływać na wysokość plonów. Na niewłaściwie chronionych plantacjach szkody w wyniku ich żerowania mogą sięgać 30% i więcej, jeżeli uszkodzone rośliny są dodatkowo porażane przez sprawców chorób.